برخی از پرسش ها مانند مسئلة «شر» در متون علمی وجود دارد که پاسخ گویی کامل به آنها از عهدة علم تجربی برنمی آید، و تنها دین و فلسفه می توانند در این امور نقش شایسته ای ایفا کنند. نوشتار حاضر با روش «تحلیلِ اسنادی»، دیدگاه¬های علامه جعفری در باب «شرّ» را بررسی کرده است. حاصل دیدگاه ایشان آن است که برای حلّ مسئلة شرور، تبیین دو مسئلة، «حیات و فلسفة آن»، و «عدالت و حکمت خداوند در جریان خلقت و سرنوشت انسان ها» ضروری است. از دیدگاه ایشان حکم انسان ها به وجود نقص ها و شرور در عالم طبیعت، مستند به قضاوت در حوادث جهان و زندگى از منظر «حیات محورى» است. اگر انسان به درک مجرد و خالصی از نظام هستی برسد و گرایش او به «حیات معقول» هم بیشتر باشد، به طور قطع، تفسیر طبیعی از عدالت الهی را رها کرده و از سلطة خودِ طبیعی نیز بیرون آمده است و دیگر مسئلة «شر» برای وی مطرح نخواهد شد.